Dibandingkan periode pengajaran tahun-tahun yang silam sewaktu SEP masih di Widya Mandala Dinoyo, maka sejak menempati Graha SEP di RMI Kesekretariatan SEP berubah wajah secara total, dalam arti sekarang ini secara lebih jelas ada bentuk Kantor Sekretariat yang permanen, yang berada di lantai dasar gedung. Para petugas siap di belakang komputernya masing-masing.

Pada jam-jam kerja secara bergiliran kita lihat petugas sekretariat SEP yang tiada lain adalah Ibu Esti, ibu Agnes yang dikepalai oleh Sekum SEP, yaitu ibu Nicolani Wibowo. Mereka bertiga inilah yang menjalankan mekanisme organisasi semua kegiatan yang ada, sebagai seksi paling sibuk karena padatnya beban kerja yang menjadi tanggung-jawab mereka. Sekretaris Umum SEP membawahi beberapa bagian, yaitu administrasi yang dikelola oleh bu Esti dibantu bu Agnes, bagian Data oleh ibu Sri, bagian Humas dan Dokumentasi yang ditangani oleh Bapak Minarto dibantu oleh Bapak Hendra Setiadi. Tugas pokok sehari-hari sekretariat ini adalah mengatur tata usaha sekolah, data hadir siswa, pindah hari/jam mengikuti pelajaran, mempersiapkan meeting-meeting yang diadakan oleh pengurus dan seksi-seksi yang ada, mengingatkan guru-guru akan jadwal yang menjadi tugas mereka masing-masing, singkatnya hampir semua aktivitas yang ada di sekolah ini. (J.Hendra)